Protein-Protein Interactions

Proteins That Can Interact with Rel/NF-kB/IkB Signaling Proteins

PROTEIN INTERACTING PARTNER(S) REFERENCE Heat shock protein v-Rel; RelA; IKK Lim et al, 1990 ; Guzhova et al, 1997; Hinz et al, 2007 Unknown 200 kDa v-Rel Morrison et al, 1989 Sp1 v-Rel, c-Rel, RelA Sif & Gilmore, 1994; Perkins et al, 1993;   Majello et al 1994 TBP v-Rel, c-Rel, RelA, Dorsal Xu et al, 1993; Kerr et al, 1993; Norris & Manley, 1992; Schmitz et al, 1995 TFIIB v-Rel, RelA Xu et al, 1993; Schmitz et al, 1995 : Xia et al, 2004 p300 RelA, c-Rel Perkins et al, 1997; Yu et al, 2004 AO7 RelA Asamitsu et al, 2003 HDACs RelA, p50,  IkBa Ashburner et al, 2001; Chen et al, 2001; Viatour et al, 2003 TAFII105 RelA Yamit-Hezi et al, 2000 Centrosomal P4.1-associated protein RelA Koyanagi et al, 2005 Trip6 v-Rel, RelA Koedood Zhao et al, 1999; Kassel et al, 2004 NFATc c-Rel Pham et al, 2005 Bcl-2 p50 Hour et al, 2000 CREB p50 He & Weber, 2004 DLC-1 IkBa Crepieux et al, 1997 ESE-1 p50 Rudders et al, 2001 HMGI(Y) p50,RelA Thanos & Maniatis, 1992; Du et al, 1993 Importin alpha isoforms p50,RelA,p52, c-Rel, RelB Fagerlund et al, 2005; 2008 Nucleophosmin p50,RelA Dhar et al, 2004 HMGA2 p50 Noro et al, 2003 HMGB1 p50 Agresti et al, 2003 Menin p50, p52, RelA Heppner et al, 2001 Steroid Receptor Coactivator-1 (SRC-1) p50 Na et al, 1998 TLS RelA Uranishi et al, 2001 EPRAP p105 Minami et al, 2008 Gas6 p105 Demarchi et al, 2001 G protein-coupled receptor kinase 5 p105 Parameswaran et al, 2006 IKKepsilon p52 Wietek et al, 2006 Retinoid X Receptor IkBbeta, p50, RelA, Bcl-3 Na et al, 1998 , 1999 ASPP RelA Sullivan & Lu, 2007 Daxx RelA Park et al, 2007 Dynein motor complex RelA Mikenberg et al, 2007 FAD24 RelA Johmura et al, 2008 p28(GANK) RelA Chen et al, 2007 LZAP RelA Wang et al, 2007 MYBBP1a RelA Owen et al, 2006 PDLIM2 RelA Tanaka et al, 2007 SIMPL RelA Kwon et al, 2004 TTF-1 RelA Islam & Mendelson, 2002 CHFR RelA Kashima et al, 2009 Glucocorticoid Receptor RelA Ray & Prefontaine, 1994; Sheinman et al, 1995 Clock RelA Spengler et al, 2012 Androgen Receptor RelA, c-Rel Palvimo et al, 1996; Mukhopadhyay et al, 2006 Progesterone Receptor RelA Kalkhoven et al, 1996 Estrogen Receptor c-Rel, RelA Galien & Garcia, 1997; Kalaitzidis & Gilmore, 2005; Feldman et al, 2007; Quaedackers et al, 2007 AH Receptor RelA, p50, RelB Tian et al, 1999; Vogel et al, 2007 ASC-1 RelA, p50 Jung et al, 2001 CDX2 RelA, p50 Mutoh et al, 2007 ETS, PU.1, ELF-1 RelA, p50 Bassuk et al, 1997 GILZ RelA, p50 Riccardi et al, 2001; Marco et al, 2006 LSF (SEF) RelA, p50 Bing et al, 2000 Notch1 RelA, p50, IKKa Wang et al, 2001; Guan et al, 1996; Song et al, 2008 NFBP RelA, p50 Sweet et al, 2003 PARP-1 RelA, p50 Hassa et al, 2001; Kitamura et al, 2005 SMRT RelA, p50 Lee et al, 2000 UXT RelA, p50, c-Rel Sun et al, 2007 LYL1 p105 Ferrier et al, 1999 ZUD p105, RelA Zhang et al, 2004 p53 IkBa, RelA Chang, 2002 ; Zhou et al, 2003; Jeong et al, 2004; Dreyfus et al, 2005 p73 IKKa Furuya et al, 2007 Huntingtin IkBa, RelA Goswami et al, 2006 HOXB7 IkBa Chariot et al, 1999 Beta TrCP IkBa Kroll et al, 1999 Beta Arrestin2 IkBa, p105 Gao et al, 2004; Parmameswaran et al, 2006 RASGAPSH3BP2 IkBa Prigent et al, 2000 ANT IkBa Bottero et al, 2001 CDK4 IkBa Li et al, 2003 Calpain 3 IkBa Marcilhac et al, 2006 Dynein light chain LC8 IkBa Jung et al, 2008 Fibronectin phospho-IkBa Olson et al, 2008 HnRNPA1 IkBa Hay et al, 2000 c-Abl IkBa Kawai et al, 2002 MIG-6 IkBa Tsunoda et al, 2002; Mabuchi et al, 2005 HDACs, nuclear co-repressors IkBa Aguilera et al, 2004 HDAC3 IkBa Gao et al, 2005 Nrpo (Swine fever virus) IkBa Doceul et al, 2008 Bcl10 Bcl-3; IKKb Yeh et al, 2005; Wegener et al, 2006 LCK Bcl-3 Zhao et al, 2005 Cot/Tpl2 c-Rel, p50/p105, p52/p100, RelA Bouwmeester et al, 2004 ABIN2 c-Rel, RelA, p105 Bouwmeester et al, 2004; Lang et al, 2004 PAPOLA c-Rel Bouwmeester et al, 2004 IQGAP2 IkBb, RelA Bouwmeester et al, 2004 CDK9 p50, RelA Amini et al, 2002 PKA IkBa, IkBbeta , p50 Zhong et al, 1997; Guan et al, 2005 Proteasome p100delta C-term Qing et al, 2007 Erbin c-Rel Ress & Moelling, 2006 JNK1 c-Rel Meyer et al, 1996 NIK c-Rel Sanchez-Valdepenas et al, 2006 PKA-Cbeta c-Rel Yu et al, 2004 S9 p100 Fong et al, 2002 Actin RelA Fazal et al, 2007 Alpha-actinin-4 RelA Babakov et al, 2008 RAI RelA Yang et al, 1999 NRF RelA Nourbakhsh & Hauser, 1999 nAKAP95 RelA Bouwmeester et al, 2004 53BP2 RelA Yang et al, 1999 PPAR-a, b, d RelA Delerive et al, 1999; Planavila et al, 2005 MOZ RelA Chan et al, 2007 AES RelA Tetsuka et al, 2000 COMMD1 RelA Burstein et al, 2005; de Bie et al, 2006 DEK RelA Sammons et al, 2006 gankyrin RelA Higashitsuji et al, 2007 PML RelA Wu et al, 2003 Egr-1 RelA Lee et al, 2005 Egr -3, Egr-4 RelA, p50 Wieland et al, 2005 FBI-1 RelA Chapman & Perkins, 2000 OCT1 RelA van Heel et al, 2002; dela Paz et al, 2007 X11L RelA Tomita et al, 2000 HEXIM1 RelA Ouchida et al, 2003 ING4 RelA Garkavtsev et al, 2004 Casein kinase II RelA Wang et al, 2000 c-Src RelA Bijli et al, 2006 p38-MAPK RelA Rajaiya et al, 2007; von Brandenstein et al, 2008 PIAS1 RelA Liu et al, 2005 PKC-zeta RelA Leitges et al, 2001 Ribosomal protein S3 RelA Wan et al, 2007 RIP140 RelA Zschiedrich et al, 2008 RNA Helicase A RelA Tetsuka et al, 2004 TAD binding proteins RelA Owen et al, 2005 T-box transcription factor RelA Hwang et al, 2005 VP1686 (Vibrio) RelA Bhattacharjee et al, 2006 PKR IKK Bonnet et al, 2000 ; 2006 Protein Phosphatase 2Cb IKK complex Prajapati et al, 2003 Protein Phosphatase X c-Rel Hu et al, 1998 Protein Phosphatase 2A RelA; IKK, NF-kB; NEMO Yang et al, 2001; Li et al, 2006; Hong et al, 2007 E2F1 p50, RelA Kundu et al, 1997; Lim et al, 2007 Myc RelA Chapman et al, 2002 SF-1 NF-kB Hong et al, 2003 p21 (recombinant) NF-kB Khanna et al, 2005 P47phox RelA Gu et al, 2003 BRCA1 RelA Benezra et al, 2003 Telomerase RelA Akiyama et al, 2003 Replication Factor C RelA Anderson & Perkins, 2003 Beta-catenin RelA Deng et al, 2002 14-3-3 proteins RelA, IkBa Aguilera et al, 2006; Matta et al, 2008 Karyopherin alpha RelA Cunningham et al, 2003 SIRT1 RelA Yeung et al, 2004 Sir2 RelA Yang et al, 2004 REPS2 RelA Penninkhof et al, 2004 ELKS IKKa, IKKb, IKKg Ducut Sigala et al, 2004 ENaC IKKb Lebowitz et al, 2004 NIBP IKKb, NIK Hu et al, 2005 HCV Core protein IKKb Joo et al, 2005 ABIN-1 NEMO Mauro et al, 2006 Bcl-10 NEMO Wu & Ashwell, 2008 CARMA1 and 3 NEMO Stilo et al, 2004 CIKS NEMO Mauro et al, 2003 HIF2alpha NEMO Bracken et al, 2005 PIDD NEMO (and RIP-1) Janssens et al, 2005 RIP-1 NEMO Wu et al, 2006 c-Src NEMO Funakoshi-Tago et al, 2005 TANK NEMO Chariot et al, 2002 TRAF1,2 NEMO Devin et al, 2001 Lys-63 ubiquitin NEMO Wu et al, 2006 ZNF216 NEMO Huang et al, 2004 TFG NEMO, TANK Miranda et al, 2006 vIRF3 (KSHV) IKKbeta Seo et al, 2004 AKT IKKbeta; RelA Vandermoere et al, 2006; Lam et al, 2007; Kwon et al, 2007 Fas-Associated Factor-1 IKKbeta Park et al, 2007 alpha-catulin IKKbeta Wiesner et al, 2007 MUC1 IKKbeta; NEMO Ahmad et al, 2007 mTOR IKK complex A Baldwin, personal communication cdc37 IKK complex Hinz et al, 2007 CUEDC2 IKKa, IKKb Li et al, 2008 Heat Shock Protein 27 IKKa, IKKb Park et al, 2003; Kammanadiminti & Chadee, 2006 Hematopoietic kinase 1 IKK complex Brenner et al, 2005 Tgat (Rho guanine exchange factor) IKK complex Yamada et al, 2007 STAP-2 IKKa/b Sekine et al, 2006 TNAP NIK, Traf2, Traf3 Hu et al, 2004 c-Jun p50, RelA, IkBa, IkBb, NEMO Stein et al, 1993; Kaszubuska et al, 1993 ; Cooper et al, 2005; Shifera et al, 2007 JunD p50-RelA Toualbi-Abed et al, 2008 c-Fos RelA,NEMO Stein et al, 1993; Shifera et al, 2007 C/EBPalpha p50 Paz-Priel et al, 2005 C/EBPbeta p50, RelA,c-Rel Stein et al, 1993; LeClair et al, 1992 ; Zwergal et al, 2006; Cha-Molstad et al, 2007 GABPbeta RelA Bruder et al, 1993 ATFa, ATF2, ATF3 p50, RelA Kaszubuska et al, 1993 YY1 RelB Sepulveda et al, 2004 Elf-1 p50 John et al, 1995 HBXAP p50, RelA Huang et al, 2004 Nucleophosmin/B23 p50, RelA Lin et al, 2006 KPNA3 p50/p105, RelA Bouwmeester et al, 2004 IRF-1 p50, RelA Drew et al, 1995; Sgarbanti et al, 2008 IRF-2 p50 Drew et al, 1995 IRF-8 c-Rel Liu & Ma, 2006 CDX2 RelA Kim et al, 2004 Stat1 (aceytlated) RelA Kramer et al, 2006 Stat3 RelA Yu et al, 2002 ; Yu & Kone, 2004; Yang et al, 2007 Stat6 RelA, p50 Shen & Stavnezer, 1998 SRF RelA Franzoso et al, 1996 Twist Dorsal Jiang & Levine, 1993 Twist 1,2 RelA Sosic et al, 2003 Pin1 RelA, c-Rel Fan et al, 2009 Calmodulin c-Rel Antonsson et al, 2003; Khan et al, 2005 Cdk2/cyclinE c-Rel Chen & Li, 1998 Myotrophin/V-1 c-Rel, RelA, p50 Knuefermann et al, 2002 Snail Dorsal DSP-1 Dorsal, p50 Lehming et al, 1994 Tax p50 Suzuki et al, 1993 RelA Suzuki et al, 1994 c-Rel Suzuki et al, 1994 IkBa Hirai et al, 1994; Petropoulos & Hiscott, 1998 p100 Béraud et al, 1994; Lanoix et al, 1994; Murakami et al, 1995; Xiao et al, 2001 p105 Hirai et al, 1992 IKK-Tak1 Wu & Sun, 2007; Chu et al, 1998 NEMO Chu et al, 1999; Harhaj & Sun, 1999; Xiao et al, 2000 BZLF1  (EBV) RelA Gutsch et al, 1994 HIV-1 Resistance Factor p50 Lesner et al, 2005 HHV-8 vFLIP NEMO Liu et al, 2002; Field et al, 2003 HHV-8 K13 protein IKK complex Matta et al, 2007 Adenovirus E3-14.7K NEMO, p50 Li et al, 1999 ; Carmondy et al, 2006 HBV  X protein IkBa Weil et al, 1999 HCV NS5B IKKa Choi et al, 2006 Torque Teno Virus ORF2 IKKa, IKKb Zheng et al, 2007 M protein (SARS-Coronavirus) IKKb Fang et al, 2007 Microplitis demolitor bracovirus H4, N5 Dif, Relish Thoetkiattikul et al, 2005

Rual et al (2005) have used a high-throughput yeast two-hybrid screen to identify many interacting partners for the following NF-kB signaling proteins:

IKKgamma(NEMO):  NEMO, PPM1B, TANK, RIPK, MAP3K14, TNFRSF1A, HSPCA, COPS3, HSPA1A, ZA2OD2, TRPC4AP, C6ORF4, TAB3, UBB, RNF11

RelA:  STAT3, NR3C1 (glucocorticoid receptor), HIS1, PML, IkBbeta, HDAC3, HDAC1, beta-TRCP, POU2F1, PRKCzeta, PIAS3, IRF2, ITGB3BP, RNF25, KPNA2, ETHE1, PPP4C, FOS, TLE1, CAMkinase4, ING4, MEN1, TRIP4, PPARA

IkBalpha:  G3BP2, S6 kinase, p53, BTRC, K-alpha-1, RTN4, TUBA2, CAPN1, FBXW11, ARRB1, RAB6IP2, ARRB1, RAB6IP2, POM121

IkBbeta:  BTRC, RXRA, RelA

IkBepsilon:  IL1A, JUP

Feldman et al, 2007 used co-precipitation/mass spec analysis to identify several proteins on the NF-kB DNA complex (although in many cases a direct interaction was not verified).  These proteins include the following:  ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly(ADP-ribose) polymerase); U5 snRNP-specific protein, 116 kDa; Similar to heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U (scaffold attachment factor A); Splicing factor 3B subunit 3 (spliceosome-associated protein 130) (SF3b130) (pre-mRNA splicing factor SF3b 130 kDa subunit); RNA helicase A; Unnamed protein product; Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract-binding protein associated) PTB-associated splicing factor; Actinin, alpha 4; Human DNA topoisomerase I (70 kDa) in noncovalent complex with a 22-base pair DNA duplex; KIAA0432; Thyroid autoantigen 70 kDa (Ku antigen); thyroid autoantigen 70 kDa (Ku antigen); ATP-dependent DNA helicase II; PARP-1; Similar to nucleolin (protein C23); Hsp89-alpha-delta-N; Chaperone protein HSP90 beta; DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 17 isoform 1; Structure-specific recognition protein 1; Interferon-inducible IFI 16; Similar to splicing factor proline/glutamine rich; Ras-GAP SH3 binding protein; Unknown (protein for IMAGE:3503708); Coronin, actin binding protein, 1C; coronin, actin-binding protein, 1C; Proliferation-associated 2G4; Neural precursor cell expressed; Beta actin; B23 nucleophosmin; Replication factor C; Ribosomal protein, large, P0